Los acusados fueron los integrantes de las tres primeras juntas militares: Jorge Rafael Videla (Comandante en Jefe del Ejército entre 1976 y 1978), Emilio Eduardo Massera (Comandante en Jefe de la Armada entre 1976 y 1978) y Orlando Ramón Agosti (Comandante en Jefe de la Fuerza Aérea, entre 1976 y 1978) que conformaron la primera junta militar entre 1976 y 1980).

Roberto Eduardo Viola (Comandante en Jefe del Ejército, entre 1978 y 1979), Armando Lambruschini (Comandante en Jefe de la Armada, entre 1978 y 1981), Omar Domingo Rubens Graffigna (Comandante en Jefe de la Fuerza Aérea, entre 1978 y 1979), formaron parte de la segunda junta militar entre 1980 y 1981.

En tanto, Leopoldo Fortunato Galtieri (Comandante en Jefe del Ejército, entre 1979 y 1982), Jorge Isaac Anaya (Comandante en Jefe de la Armada, entre 1981 y 1982), Basilio Lami Dozo (Comandante en Jefe de la Fuerza Aérea, entre 1979 y 1982), integraron la tercera junta entre 1981 y 1982.
 

La "Causa 13" fue instruida, en un principio, por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas por orden del Poder Ejecutivo el 13 de diciembre de 1983, pero frente a la "demora injustificada" del tribunal militar en la instrucción, el 4 de octubre de 1984 la Cámara Nacional de Apelaciones se la quitó y continuó los pasos procesales, terminando el sumario y llevando adelante el juicio.

El informe de la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas (CONADEP), creada por Raúl Alfonsín el 15 de diciembre de 1983, fue presentado en 1985 y relevó la desaparición de "cerca de nueve mil personas".

A partir de ese 22 de abril de 1985, la sociedad argentina comenzó a conocer lo ocurrido en esos años por medio de información verosímil y legítima.

Durante el juicio, aunque no se abrieron los archivos de la dictadura, y menos aún se conoció la identidad de los niños apropiados que nacieron en cautiverio, quedó en evidencia que desde el '76 al '83 hubo un aparato clandestino de represión.

La clandestinidad de las detenciones, las prácticas de interrogatorios bajo torturas, eliminación física de los detenidos y el saqueo de las viviendas de los detenidos, quedaron expuestos durante el juicio.

Las audiencias orales fueron entre el 22 de abril y el 14 de agosto de 1985, en ellas declararon 833 personas, entre ellos ex detenidos desaparecidos, familiares de las víctimas y represores.

Entre el 11 y el 18 de septiembre de 1985, la Fiscalía acusó a los procesados de secuestro, tortura, robo, homicidio, allanamiento ilegal y falsedad documental, todos ellos delitos tipificados por el Código Penal vigente en el marco de la ejecución de un plan sistemático concebido por la más alta jerarquía militar.

En su alegato, el fiscal Julio César Strassera realizó de viva voz la acusación pública contra los dictadores, y entre los pasajes mas conmovedores se cuenta el cierre: "Señores jueces: quiero renunciar expresamente a toda pretensión de originalidad para cerrar esta requisitoria. Quiero utilizar una frase que no me pertenece, porque pertenece ya a todo el Pueblo Argentino. Señores jueces: Nunca más".

Entre el 30 de septiembre y el 21 de octubre alegaron las defensas de los jefes militares que insistieron en que se había tratado de una guerra, y que los actos develados debían ser considerados como circunstancias inevitables de toda guerra.

El tribunal integrado por los jueces Jorge Torlasco, Ricardo Gil Lavedra, León Arslanian, Jorge Valerga Aráoz, Guillermo Ledesma y Andrés D´Alessio dictó sentencia el 9 de diciembre de 1985, fundada en 709 casos presentados durante el juicio.

La sentencia fue leída por León Arslanián en su condición de presidente de la Cámara Federal, que condenó a Videla y Massera a reclusión perpetua; a Agosti a cuatro años y seis meses de prisión; a Viola a dicisiete años de prisión; y a Lambruschini a la pena de ocho años de prisión.

En tanto, Graffigna, Galtieri, Anaya y Lami Dozo fueron absueltos.
 

Los resultados del Juicio fueron, la base para los avances judiciales que sobrevinieron y también las resistencias a través de sublevaciones militares.

Pocos años después, las leyes de punto final (1986) y de obediencia debida (1987), de Alfonsín, y luego los indultos de Carlos Menem (1990) dieron marcha atrás con esta proceso de Memoria, Verdad y Justicia, que volvió a abrirse con la presidencia de Néstor KIchner, quien promovió la derogación de las leyes del perdón.

En 2005, la Corte Suprema de Justicia declaró la inconstitucionalidad de la leyes de impunidad, se reabrieron las causas por delitos de lesa humanidad durante la dictadura militar y ya hay cerca de 400 genocidas condenados y juicios en curso.